一是对增值税专用发票的审计。主要检查纳税人是否取得增值税专用发票，是否存在以增值税普通发票抵扣进项税的情况。主要通过对存货、固定资产、费用科目和应交税费――应交增值税（进项税）等科目进行审计。二是对海关进口增值税专用缴款书的审计。
运用科学方法，多渠道对瞒报计税额的审计 （一）用普通发票代替增值税专用发票问题。这种现象常发生在向小规模纳税人，消费者或用于非应税项目的一般纳税人的销售行为。
其次，针对小规模纳税人，需要改进税收管理。提高增值税起征点，扩大免税比例，如对年销售额在4-10万元以下的小规模纳税人实行免税。同时，降低小规模纳税人的征收率，如工业小规模纳税人征收率为4%，商业小规模纳税人征收率为2%，以缩小税负差异，减少偷漏税现象。
